媽嶼媽祖信俗起源于元代，媽嶼原名馬嶼、放雞山。元代沙汕頭（今汕頭）漁船、商航船不少，漁民船主為求航行安全，專程從福建湄洲媽祖的故鄉請來香火，集資興建媽祖宮祭拜。因路程轉遠和潮汛關系，攜帶的熟祭品常常變質，便改為以活雞薦拜后放生，任其生殖繁衍，使嶼上雞群滿山，故馬嶼自明朝又被稱為“放雞山”。后因拜活雞放生漸少，加上媽祖宮聲名遠播，“媽嶼”一名便取替了放雞山。據清代《南澳志》《澄?？h志》所述，從明朝起，媽嶼很長時間里，名字都稱為“放雞山”，直到清末才寫成媽嶼，這兩個地名，都與島上媽祖廟蜚聲中外有關。

至清咸豐年間，不少外國商船停泊媽嶼與內地商販做買賣，隨著島上商貿的日益繁榮，也帶旺了媽祖廟的香火，船主和漁民經常到媽祖宮祭拜媽祖，祈求航海安全，商貿順利。媽嶼島因其具備特有的口岸優勢，成為“豬仔”貿易和出洋點，船主華工在出洋前，都會到媽祖宮祭祀媽祖，祈求出洋平安，同時也將對媽祖的虔誠和信俗帶到僑居地，進一步促進了媽祖信俗的傳播。1860年汕頭開埠，成為粵東對外通商樞紐，吸引了英、美、法等國設立領事館和航運機構，商人、船工、漁民為祈求海上安全與貿易順利，頻繁參拜媽嶼媽祖，這時期的媽祖廟香火最為旺盛，也形成了獨特的媽嶼媽祖信俗。